Måske en bagatel:
Windows overskriver ikke nødvendigvis Linux (det kan man styre under installationen), men den overskriver informationen i din MBR, så du ikke får den valgmulighed at boote linux, men kun Windows.
Det kan så fixes ved at boote op med en form for livecd (jeg ville vælge en minimal Gentoo, men mulighederne er mange), mounte sine drev (i hvertfald / og /boot), chroot'e til dem, og køre lilo.
Jeg har ikke selv prøvet det, men sådan ville jeg gøre hvis jeg nogensinde kom ud for det
--
Thus, I conclude