Jeg tror lidt du har misforstået webudvikling. Der er forskel på frontend og backenden / client og server. Det vil sige, at du i tilfældet du spørger om i Javascript ikke har direkte adgang til databasen. Og du i PHP ikke har direkte adgang til browser vinduet.
Det er måske lidt kludret forklaret men, det betyder, at alt hvad du laver i browseren (- klienten) kender php (-serveren) ikke noget til inden du
fortæller den det via et kald ( genindlæs filen/ indlæs en ny fil ). Det vil sige. Hvis du sidder i Javascript og gerne vil fortælle databasen noget ( via PHP ). Så skal du fra javascript lave et kald (synkront eller asynkront) til en php fil.
Synkront kunne være, at du genindlæser siden / eller sender browseren til en anden side med en ekstra prameter ( side.php?slet_counter=1 ) det kan du så læse i php og bruge til, at slette counteren.
Asynkront bruger man AJAX. AJAX er en måde at lave et nyt kald til serveren via javascript uden genindlæser eller flytte browseren til en anden side. Det hele sker simpelthen i baggrunden. Så her ville du faktisk gøre meget det samme som i synkront kald, men i baggrunden via AJAX, så brugere ikke skal se, at siden genindlæser.
TL
R
Skift side fra javascript: "window.location.href = "en_anden_php_side_der_kan_slette.php?de_counter_som_har_id=1";
Lav et AJAX kald via javascript ( læs selv op på det, det kan være langt at beskrive her. Kig evt. på jQuery.post hvis du allerede bruger jQuery.